Názov:
Vizualizácia evolučných histórií genómov
Študent:
Jaroslava Kokavcová
kokavcova20 (zavináč) uniba.sk
Vedúci:
doc. Mgr. Bronislava Brejová PhD.
brejova (zavináč) dcs.fmph.uniba.sk
Špecifikácia:
Tento projekt nadväzuje na bakalársku prácu Radoslava Chládeka.
Cieľom projektu je vylepšiť a rozšíriť používateľské rozhranie nástroja EHDraw na zobrazovanie evolučných histórií.
Hlavná náplň zimného semestra je rozšíriť existujúci nástroj EHDraw o možnosť zoomovania obrázkov. Taktiež bolo prerobené menu, aby sa zvýšila prehľadnosť a nástroj sa dal lepšie používať.
V letnom semestri bola pridaná možnosť označiť gén kliknutím naň. Okrem toho sme sa znova pozreli na poradie chromozónov pri zobrazovaní. Radoslav Chládek vo svojej bakalárskej práci hľadal algoritmus, ktorý minimalizuje počet krížení a tým sprehľadnil výsledný obrázok. Nevýhodou tohto algoritmu je, že nerieši, kde tieto kríženia budú. Kríženia na nesprávnom mieste môžu pôsobiť rušivo. Preto budeme hľadať algoritmus, ktorý bude minimalizovať počet krížení a zaroveň sa bude snažiť, aby tieto kríženia boli na dôležitých miestach. Tento problém vieme formalizovať pomocou grafov. Náš algoritmus využíva heuristiku prechodu po vrstvách, pričom sa snaží zachovávať relatívne poradie komponentov. Toto riešenie zatiaľ nerieši otočenie chromozónov, ani rezanie cirkulárnych chromozónov.
Tento projekt nájdete na GitHube.