Denník

  • 1. týždeň: Inštalácia a konfigurácia databázy MIMIC-IV. Spustenie pomocných SQL skriptov z mimic-code a oboznámenie sa s dátovou štruktúrou.
  • 2. týždeň: Príprava vývojového prostredia – PyEnv, PostgreSQL, relbench, knižnice ako PyTorch Geometric, torch-frame a ďalšie. Testovanie SQL dopytov.
  • 3. týždeň: Extrakcia a sanitácia hlavných tabuliek (patients, admissions, icustays). Ukladanie dát do HDF5 a CSV. Prvá verzia `MIMIC_Querier` a SQL templating.
  • 4. týždeň: Implementácia triedy Mimic_Dataset s časovým delením dát. Pripojenie k relbench API, definovanie `val_timestamp` a `test_timestamp` na základe admit time.
  • 5. týždeň: Vytvorenie vlastnej úlohy InHospitalMortalityTask, ktorá predikuje hospital_expire_flag. Definícia `make_table()` a validácia správnosti vstupných dát.
  • 6. týždeň: Materializácia heterogénneho grafu z databázy pomocou `make_pkey_fkey_graph()`. Pridanie GloVe embeddingov cez `sentence-transformers` a textové vstupy.
  • 7. týždeň: Tréning GNN modelu (HeteroGraphSAGE) pomocou `NeighborLoader`. Vyhodnocovanie cez metriky (ROC AUC, AP, accuracy, f1), vizualizácie a interpretácia výsledkov.
  • 8. týždeň: Začiatok písania bakalárskej práce.